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Le test LAMP ne fonctionne pas ? Commencez par concevoir une amorce de qualité !
13 mars 2026
L'amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) est une technologie d'amplification génique inventée par le chercheur japonais Notomi en 2000. Elle est simple, rapide et précise, permettant une amplification rapide de l'ADN/ARN cible dans des conditions isothermes à 60-65 °C.
Cette technique nécessite 4 à 6 amorces spécifiques Le ciblage de 6 à 8 régions du gène cible comprend des amorces externes (F3, B3), des amorces internes (FIP, BIP) et des amorces de boucle optionnelles (boucle F, boucle B). Grâce à l'ADN polymérase Bst à déplacement de brin, ces amorces se lient à l'ADN cible et forment des structures en boucle spécifiques, amplifiant ainsi la cible à température constante (60–65 °C).
La conception de l'apprêt représente le plus grand défi technique en détection LAMP. Voici ses principes de conception fondamentaux :
1. Composants de l'apprêt
- Amorces externes (F3/B3): 1 amorce chacune ; sa fonction principale est d'initier la réaction de déplacement de brin.
- Amorces internes (FIP/BIP): 1 amorce chacune ; contiennent des séquences complémentaires et sont essentielles à la formation de la structure en boucle.
- Amorces de boucle (LF/LB, optionnel)Accélérer la réaction d'amplification et améliorer la sensibilité de détection.
2. Sélection de la séquence cible
- Préférer les régions de séquence de 150–300 pb.
- Choisir séquences hautement conservées sans réactivité croisée.
- Évitez les régions sujettes aux structures secondaires intramoléculaires.
3. Paramètres clés pour la conception des apprêts
Distance entre les régions d'amorçage
- Distance entre l'extrémité 5′ de F2 et l'extrémité 5′ de B2 : 120–180 pb
- Distance entre l'extrémité 5′ de F2 et l'extrémité 5′ de F1c : ~40–60 pb
- Distance entre l'extrémité 3′ de F3 et l'extrémité 5′ de F2 : ~0–60 pb
- Boucle F : située entre l'extrémité 3′ de F2c et l'extrémité 5′ de F1c
- Boucle B : située entre l'extrémité 3′ de B1 et l'extrémité 5′ de B2
Température de fusion (Tm)
Les valeurs de Tm sont ajustées en fonction de la composition de base :
- ~60–65 °C pour les séquences riches en GC ou normales
- ~55–60 °C pour les séquences riches en AT
Normes Tm spécifiques :
- F1c/B1c : 64–65 °C
- F2/B2 : 59–61 °C
- F3/B3 : 59–61 °C
- Boucle F/Boucle B : 64–65 °C
Stabilité de l'extrémité de l'amorce
Calculez la valeur de ΔG pour le derniers 6 pb des extrémités critiques des amorces. La valeur doit être . Régions concernées :
- 5′ extrémité de F1c/B1c
- 3′ fin de F2/B2
- Fins de F3/B3
Contenu GC
- Séquences riches en GC ou séquences normales : 50 à 60 %
- Séquences riches en AT : 40 à 50 %
Structure secondaire
Les primaires doivent être conçues de manière à éviter la formation spontanée de structures secondaires.
- L'extrémité de 3 pieds doit ne pas être riche en AT.
- Aucune association complémentaire avec d'autres amorces.
Comparativement à la qPCR, la technique LAMP est plus sujette aux faux positifs, principalement dus à la formation de dimères d'amorces. Nous recommandons de tester plusieurs jeux d'amorces à différentes températures de réaction afin de sélectionner celui offrant les meilleures performances de détection.